さて、以前から気にはなっていましたが、多くのサイトを抱えるようになると、FTPソフトを利用しても、どこに接続するのを選ぶことが面倒になってしまいます。そこで、自動的に指定した接続先に接続できるといいなぁと思っておりましたが、どうやらできそうです。
こちらから、
http://wiki.filezilla-project.org/Command-line_arguments_(Client)
をみると、

filezilla [<ftp URL>]
filezilla -s
filezilla -c

と実は起動オプションが指定できるようです。

filezilla ftp://user:pass@host:port/path

でうまくできました。